Nordøst for havnen er en mega stor sandbanke fjernet.
Efter lang tids pres fra Thyborøn Havn, har Kystdirektoratet nu fjernet en kæmpe sandpude ud for Thyborøn Havn. Det er sket ved, at sandsugerfirmaet Rohde Nielsen A/S for Kystdirektoratet har fjernet 425.000 kubikmeter sand.
Sandpuden fik bølgerne til at løbe direkte ind i havnen. I dårligt vejr er der flere eksempler på, at fartøjer har revet sig løs. Formanden for Thyborøn Havns Fiskeriforening, Kurt Madsen har tidligere udtalt, at et enkelt industrifartøj grundet disse problemer har valgt at flytte til Skagen. Og direktøren for Thyborøn Havn, Jørgen Buhl, skønner havnen over tid har haft ekstraordinære omkostninger på 25 mio. kr. som følge af den uheldige sandvandring.
Ifølge beregninger fra Dansk Hydraulisk Institut vil en fjernelse af sandpuden reducere bølgeuroen i havnebassinerne, men det kan ikke uden meget grundige undersøgelser fastslås hvilke andre konsekvenser, det vil have. Kystdirektoratet har derfor igangsat et større arbejde med at se på sammenhængene i Thyborøn Kanal og ind i den vestlige del af Limfjorden. Dette skulle gerne lede til en afklaring af, hvad der er den bedste løsning på længere sigt.