I takt med den stigende interesse for MSC, er der i kølvandet opstået slagsmål om, hvorvidt det er et godt eller skidt mærke.
MCS har efter egne oplysninger certificeret omkring 10% af de globale fiskefangster. Dermed er organisationen på rekordtid blevet førende indenfor certificering af fiskeprodukter.
I Danmark er bl.a. de fleste pelagiske konsumarter certifi-cerede, og derfor ses marinerede sild og makrelkonserves i stort antal med det blå msc mærkat. Fiskeriforeningen og Danmarks Producentorganisation er desuden langt fremme i bestræbelserne på at få en række hvid fisk certificeret.
Flere NGO’er kritiserer imidlertid MSC for at gå på kompromis med miljøforhold og se stort på bæredygtighed.
Til bladet Tænk kalder kampagneleder og marinebiolog i Greenpeace Norden, Hanne Lyng Winter diskussionen ”mudret”; ” I udgangspunktet er MSC jo ikke en dårlig idé. Som supermarked eller forbruger er det let at forholde sig til sådan et mærke. Men det er, som om alt skal certificeres. Der er til dato kun ét fiskeri, der ikke har fået MSC-mærket efter at være gået i gang med den store ansøgningsproces.”
Organisationerne peger på forskellige problematiske fiskerier, som alle er gået gennem MSC nåleøjet: Muslingefiskeri i Limfjorden, bundtrawl fiskeri og videre fortæller Hanne Lyng Winter til Tænk ”For eksempel sælger danske supermarkeder Alaska Sej fra Beringshavet med MSC-mærket, men søløverne i Beringshavet lever blandt andet af Alaska-sejen, og der fiskes også i søløvernes beskyttede område, derfor er hele bestanden nu for nedadgående,”
Andre interesseorganisationer kritiserer MCS for at være økonomisk byrdefuld, og dermed udelukket for en række mindre fiskerier – heriblandt miljøskånsomt kystfiskeri.
Jonathan Broch Jacobsen, der er konsulent i Danmarks Fiskeriforening mener certificeringen er vigtig for at bevare konkurrencedygtigheden på det europæiske marked. Til Tænk forklarer han, at på en nylig konference med oplæg fra de store supermarkeds-indkøbere, var indstillingen, at den typiske supermarkedskunde ikke orker at gå rundt og se efter et blåt mærke på hver enkelt fisk. Så derfor skal alle deres fisk være MSC-mærkede hurtigst muligt, så de kan sige til kunderne, at al fisk her i butikken er miljørigtigt fanget og kan spises med god samvittighed.